Der Pflanzengesundheitsdienst verfolgt das Ziel, die Einschleppung und Verbreitung gefährlicher Schadorganismen zu verhindern. Bei der Ein- und Ausfuhr oder beim Transport von Pflanzen oder Pflanzenerzeugnissen (z. B. auch Holzverpackungen) innerhalb der EU dürfen bestimmte Schädlinge nicht verschleppt werden.  

Der Pflanzenpass bescheinigt beim Handel innerhalb der EU dass die pflanzengesundheitlichen Anforderungen (z. B. Freiheit von Unionsquarantäneschädlingen, Bestimmungen bzgl. unionsgeregelten Nicht-Quarantäneschädlingen) erfüllt sind.  Unternehmen, die Pflanzenpässe ausstellen, oder die Pflanzen, Pflanzenerzeugnisse und andere Gegenstände ein- oder ausführen wollen müssen bei den Regierungspräsidien registriert sein. Die Registrierpflicht besteht auch für Unternehmen, die Verpackungsmaterial gemäß internationalem Standard ISPM Nr. 15 markieren.

Der Pflanzengesundheitsdienst kontrolliert die Importsendungen bereits an den Grenzkontrollstellen der EU Außengrenze oder unter bestimmten Voraussetzungen direkt beim Empfänger. Wenn die Ware frei von bestimmten Schädlingen ist, darf sie zur weiteren Verwendung freigegeben werden.

Beim Export von Pflanzen und Pflanzenerzeugnissen überprüft der amtliche Pflanzengesundheitsinspektor, ob die jeweiligen Einfuhranforderungen des Bestimmungslandes erfüllt werden und stellt für jede Sendung ein Pflanzengesundheitszeugnis aus.