Markgräfler Rheinebene Weil bis Neuenburg

​FFH- und Vogelschutzgebiet sind hier im südlichen Oberrheinischen Tiefland größtenteils deckungsgleich. Ausschließlich zum FFH-Gebiet gehören drei östlich gelegene Teilflächen mit Rieden, Halbtrockenrasen, Flachland-Mähwiesen, Hochstaudenfluren und strukturreichem Wald sowie dem Engebach.

Neben dem Oberrheingraben mit Niederterrasse und Hochgestade sind auch Teile der Vorbergzone des Schwarzwaldes unter europäischen Schutz gestellt. Außerdem finden sich insgesamt sechs Naturschutzgebiete im Natura 2000-Gebiet, zu denen das NSG „Kapellengrien“ und „Isteiner Klotz“ gehören. Der Isteiner Klotz ist eine Felsregion, die neben den Isteiner Schwellen zu den markanten geologischen Gebietsbesonderheiten zählen.

Das FFH-Gebiet 8311-342 „Markgräfler Rheinebene von Weil bis Neuenburg“ gehört zu den besonders vielfältigen Landschaften am Oberrhein, mit naturnahen, gut ausgeprägten Waldgesellschaften, Wiesen, orchideenreichen Halbtrockenrasen und dem Restrhein mit Kiesbänken und Anlandungsflächen. Von kulturhistorischer Bedeutung ist die durch Grundwasserabsenkung nach der Tullaschen Rheinkorrektion entstandene Trockenaue mit ehemaligem Eichen-Hainbuchen-Niederwald. Als eine der vielen von Wasserflächen abhängigen Arten ist die Gelbbauchunke zu nennen, welche kleine Pioniergewässer bevorzugt besiedelt.

Das Vogelschutzgebiet 8211-401 „Rheinniederung Haltingen - Neuenburg mit Vorbergzone“ besitzt als Rastgebiet vieler Vogelarten internationale Bedeutung. Der naturnahe Restrhein mit Stromschnellen (wie z.B. die Isteiner Schwellen), Weich- und Hartholzaue im alten Flussbett des Rheins sowie Kiesgruben, Baggerseen, lichte trockene Uferwälder und die Hänge der Vorbergzone stellen wichtige Lebensstätten seltener und gefährdeter Vogelarten dar. So befindet sich hier eines der wenigen Brutgebiete des Gänsesägers in Baden-Württemberg. Weitere besondere Vogelarten sind etwa Eisvogel, Wiedehopf oder Neuntöter.

Veränderungen im Natura 2000-Gebiet ergeben sich derzeit durch die planfestgestellten und in Umsetzung befindlichen Maßnahmen des Integrierten Rheinprogramms (IRP) zum Hochwasserschutz am südlichen Oberrhein.