Obere Argen und Seitentäler (FFH 8324-342) Untere Argen und Seitentäler (FFH 8324-343) Schwarzensee und Kolbenmoos (SPA 8324-441)

Das Flussbett und die Uferbereiche sind durch die starke Kraft des Wassers ständigen Veränderungen ausgesetzt. Die dort lebenden Arten sind an diese Bedingungen angepasst, so wie der Strömer, ein spindelförmiger Fisch, der in Baden-Württemberg vor allem durch die Verbauung von Flüssen gefährdet ist. Auf den Kiesbänken der Argen und ihrer Zuflüsse hat sich die seltene Lavendel-Weide angesiedelt. Sie charakterisiert den geschützten FFH-Lebensraumtyp Alpine Flüsse mit Lavendel-Weiden-Ufergehölzen.

Die Seitenbäche haben im Allgäu einige enge, meist bewaldete Schluchten geschaffen, sogenannte „Tobel“, die sich durch besonderen Artenreichtum auszeichnen. Viel Regen und kühles Klima lässt Arten auftreten, die wir aus den angrenzenden Alpen kennen. Diese Klimabedingungen fördern auch die Moorentwicklung in den Bachtälern und an Quellen. In diesen Kalkreichen Niedermooren sind Mehl-Primeln und Alpen-Fettkraut heimisch und eine europaweit besonders geschützte Art, das seltene Sumpf-Glanzkraut.

In der das Flusssystem umgebenden Westallgäuer Hügellandschaft finden sich in den nassen Senken weitere Natura 2000 Lebensräume wie natürliche, nährstoffreiche Seen, Pfeifengraswiesen oder Übergangs- und Schwingrasenmoore oder Moorwälder. Der Schwarzensee zählt mit dem Kolbenmoos zu den bedeutendsten baden-württembergischen Brutgebieten für Drosselrohrsänger, Kleines Sumpfhuhn, Krickente, Tafelente, Tüpfelsumpfhuhn und Zwergdommel.