Neben dem Flächenschutz (Natura 2000 und Naturschutzgebiete) bildet der Artenschutz ein weiteres wichtiges Aufgabenfeld der Regierungspräsidien. Gestiegene rechtliche Anforderungen bei der fachlichen Begleitung von Eingriffsvorhaben (Fachliche Begleitung von (Groß-)Vorhaben)) sowie der Vollzug des Artenschutzprogramms Baden-Württemberg durch Konzeption und Umsetzung von Artenhilfsprogrammen, z. B. auch im Rahmen des 111-Artenkorbs, bilden hierbei die Schwerpunkte unserer Arbeit.
Um den am stärksten bedrohten Arten eine Überlebenschance zu ermöglichen und somit die Artenvielfalt für künftige Generationen zu erhalten, hat das Land Baden-Württemberg die Aufgabe, im Rahmen des Arten- und Biotopschutzprogramms spezielle Artenhilfsprogramme zu entwickeln. Hierfür bedient sich die Naturschutzverwaltung der Grundlagenwerke zum Artenschutz, in denen langjährig erhobene Beobachtungen der bei uns lebenden Arten dokumentiert sind. Aus diesen lassen sich artenbezogene Schutzmaßnahmen ableiten.
Die Referate Naturschutz und Landschaftspflege sind mit der Durchführung und Beaufsichtigung der erforderlichen Schutz- und Hilfsmaßnahmen vor Ort betraut. Viele gefährdete Populationen seltener Arten wie beispielsweise vom Wiedehopf, Steinkauz oder Apollafalter konnten so vor dem Aussterben bewahrt werden.
Im Land Baden-Württemberg wurden im Rahmen des Artenschutzprogramms seit Beginn der 1990er Jahre spezielle Artenhilfsprogramme entwickelt. So wurden landesweit bis heute mehr als 7.000 Einzelvorkommen aus verschiedenen Tiergruppen und über 3.000 Pflanzenvorkommen erfasst und, wo nötig, besondere Schutz- und Pflegemaßnahmen eingeleitet.
Mit dem Artenschutzprogramm hat das Land Baden-Württemberg ein spezielles "Feuerwehrprogramm" ins Leben gerufen, um diesen Arten gezielt zu helfen. Die Regierungspräsidien kümmern sich um ausgewählte Arten aus folgenden Gruppen: